割り込み時にresetされてしまうのは、
割り込みで呼ばれる関数の前に
をつけると共に、関数をきちんとvoid型で宣言することで解決。
とりあえずタイマが使えるようになりました。
これでやっと加速度計や、USBN9603やらを使う準備が整いました。